Енвд 4 образец: Полная информация для работы бухгалтера

бланк, образец заполнения — Контур.Бухгалтерия

Организации и ИП применяют систему ЕНВД по собственному решению. Бизнесмены сообщают в налоговую о том, что прекращают деятельность или переходят на другой режим налогообложения. Для этого составляют и подают заявление о снятии с учета. В статье расскажем, в какие сроки это нужно сделать и как заполнить заявление.

Организации и ИП применяют систему ЕНВД по собственному решению. Раньше бизнесмены были обязаны сообщить в налоговую о том, что прекращают деятельность или переходят на другой режим налогообложения. Для этого составляли и подавали заявление о снятии с учета. Но с 1 января 2021 года ЕНВД отменяют по всей стране, налоговая не справится с таким количеством заявлений. Расскажем, как уйти с ЕНВД после отмены режима.

В каких случаях подавать заявление о снятии с учета

Организации и ИП на «вмененке» состоят на учете в налоговом органе. Чтобы прекратить платить единый налог, подайте туда заявление о снятии с учета. Заполните и подайте заявление если:

• вы прекратили деятельность;
• вы переходите на другой режим налогообложения;
• вы прекратили один из видов деятельности на ЕНВД;
• вы нарушили ограничения и утратили право применять «вмененку».

Каждой причине соответствует код, который указывается в бланке.

Скидка 45% в ноябре: 7 590 р. вместо 

13 800 р. за год работы

Нужно ли подавать заявление, если ЕНВД отменили

Если вы уходите с ЕНВД с 1 января 2021 года вместе со всей страной, заявление подавать не нужно. ФНС автоматически снимет налогоплательщиков с вмененного режима. При этом срок подачи декларации и уплаты налога за IV квартал не меняется — сдайте отчет до 20 января 2021 года и заплатите налог не позднее 25 января.

Выберите на замену ЕНВД другой налоговый режим. В этом поможет наш бесплатный калькулятор — введите свои параметры, чтобы подсчитать налоговую нагрузку на всех доступных режимах и выбрать самый выгодный. О том, как перейти с ЕНВД на другой налоговый режим, подробно рассказали наши эксперты. Если в статье вы не нашли ответ на свой вопрос — задайте его в комментариях, мы обязательно ответим.

Скачать формы заявления о снятии с учета

• Форма ЕНВД-3 – для организаций
• Форма ЕНВД-4 – для предпринимателей

Сроки подачи заявления и снятия с учета

ООО и ИП, отказавшиеся от использования ЕНВД,  снимаются с учета в течение 5 рабочих дней. Дата снятия налогоплательщика с учета изменяется в зависимости от предпосылки к прекращению деятельности на ЕНВД:

• при прекращении работы — дата, указанная в форме;
• при нарушении условий и утере права — начало квартала, в котором нарушены требования;
• при добровольном переходе на другой режим — 31 декабря текущего года.

Получив заявление, налоговая инспекция снимает налогоплательщика с учета и направляет ему уведомление об этом. Для этого у налоговой 5 суток. Уже после этого, вмененщик должен представить декларацию и оплатить налог за последний период, проведенный на ЕНВД.

Заполнение заявления

Соблюдайте требования к оформлению заявления, установленные ФНС. Распечатанное заявление заполняйте заглавными буквами с первой ячейки, проставляя прочерки в пустых полях. Для заполнения электронной формы пользуйтесь шрифтом Courier New размером 16-18.

Подробный порядок заполнения заявления указан в приложении №11 к приказу ФНС России от 11.12.2012 № ММВ-7-6/941@.

1. Укажите ИНН и КПП, они содержатся в уведомлении о постановке на учет.
2. Впишите код налогового органа, в котором вы зарегистрированы. Он содержится в уведомлении о постановке на учет.
3. Внимательно выберите причину для снятия с учета. Код 4 — иное, применяется для прекращения одного из видов деятельности, облагаемой ЕНВД или адреса её ведения.
4. Для российских организаций укажите цифру 1, для иностранных — 2.
5. Укажите полное наименование, как в учредительных документах.
6. ОГРН указан в свидетельстве о регистрации и в уведомлении о постановке на учет в службе статистики.
7. Укажите дату, с которой вы перестали применять ЕНВД. С этого момента у вас есть 5 дней для подачи заявления. Если вы прекращаете деятельность в принудительном порядке, утратив право на применение «вмененки», дату ставить не нужно, просто проставьте прочерки.
8. Составляйте приложение к заявлению только при указании кода 4 в поле причины снятия с учета.
9. Укажите информацию о лице, которое подает заявление. Поставьте цифру 3, если это руководитель, и цифру 4 для его представителя. Далее впишите ФИО из паспорта и укажите ИНН и контактные данные.

Для индивидуальных предпринимателей порядок заполнения заявления аналогичный.

Страницу 2 заполняйте только при прекращении отдельных видов деятельности по ЕНВД. На одной странице отражаются сведения только о трех видах деятельности, если их больше — заполните несколько приложений.

1. Укажите код предпринимательской деятельности, которую вы решили прекратить.
2. Заполните данные об адресе, по которому велась деятельность. В том числе: индекс, регион, район, город, улицу, номер дома и офиса.

В примере мы указали один вид деятельности, бланки для других видов нужно заполнить прочерками.

Опоздание с подачей заявления

Если вы не успели подать заявление в течение 5 дней, можно сделать это позже. В таком случае налоговый орган снимет вас с учета только в последний день этого месяца (п. 3 ст. 346.28 НК РФ).

Подавайте заявление о снятии с учета вовремя. Небольшое опоздание не грозит ничем серьезным, но некоторые предприниматели затягивают с подачей заявления на несколько месяцев, считая, что ничего не должны. С такой позицией категорически не согласен Минфин. Ведь подача заявления о снятии с учета — важное условие для прекращения налогообложения. Если вы не подали заявление и прекратили ведение деятельности, налоговая будет ждать от вас подачи деклараций и уплаты налогов и начислит штрафы и пени. 

Нулевые декларации при отсутствии деятельности подавать нельзя, так как расчет основывается на физических показателях, отсутствие которых нужно доказать.

Автор статьи: Елизавета Кобрина

Облачный сервис Контур.Бухгалтерия подходит для ведения учета и формирования отчетности по ЕНВД. Учитывайте доходы и расходы, начисляйте зарплату, платите налоги и подавайте отчетность через интернет. Все новые пользователи могут работать с программой бесплатно в течение 14 дней.

Заявление о снятии с учета… из енвд, заявление плательщика

• Конструкторы
• Указатель и Поиск
• Новые формы (КНД | ОКУД | КФД)
• Нотариусы Москвы
• Новости
• Статьи




• О проекте

Поиск; поиск от Гугл вы можете найти >>>; Поддержать нас: 4276 3801 2460 2124

ЕНВД — основная группа документов в которую входит документ, другие группы в которые входит документ, похожие документы

Формы налоговой отчетности — разделы в которые входит документ, все разделы документов

Справочник КНД — КНД 1112019

Заявление о снятии с учета индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности форма № енвд-4 (образец заполнения) | изменен в феврале 2022 г.

Скачать в MS Word docx

Редактировать документ

Подписывайтесь на наш Youtube канал!

Подписывайтесь на наш Telegram канал!

Поддержать нас: 4276 3801 2460 2124

Гороскоп (бизнес/феншуй)
Бланки новых документов, которые актуальны с 2023 года

Читайте статьиКрипта
#прожиточныйминимум#пособие#социальноевидео#жалобанаштрафнакарантине

Категории документа

55 документовЕНВД110 документовЗаявление плательщика405 документовЗаявление связанные с налогами2625 документовНалог6673 документовОбразец заполнения20000 документовФорма20000 документовПриказ (распоряжении) о направлении работника в командировку

Рекомендуем документы

Заявление о снятии с учета индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в связи с добровольным переходом на иной режим налогообложения форма № енвд-4 (образец заполнения)Заявление о снятии с учета индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в связи с несоблюдением ограничений для применения енвд форма № енвд-3 (образец заполнения) (в формате Эксель)Заявление о снятии с учета индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в связи с прекращением предпринимательской деятельности форма № енвд-4 (образец заполнения)Заявление о снятии с учета индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности форма n енвд-4Заявление о снятии с учета индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности форма № енвд-4Заявление о снятии с учета индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности форма № енвд-4 (образец заполнения)Заявление о снятии с учета контрольно-кассовой машины (образец заполнения)Заявление о снятии с учета организации в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход 2Заявление о снятии с учета организации в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности (енвд) (образец заполнения) форма № енвд-3Заявление о снятии с учета организации в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в связи с добровольным переходом на иной режим налогообложения форма № енвд-3 (образец заполнения)Заявление о снятии с учета организации в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в связи с несоблюдением ограничений для применения енвд форма № енвд-3 (образец заполнения)

Все разделы документов

Акты Банкротство физлиц Библиотека Ведомости Врачи и пациенты ГИБДД, жалобы ГОСТы и СНиПы Доверенности Договоры Договоры аренды Договоры залога Договоры купли-продажи Договоры по алфавиту Жалобы ЖКХ Журналы Заключения Запросы Защита бизнеса Защита прав потребителя Заявки Заявления Инвестиции Иски, претензии к договорам Исковые заявления ИТ. Интернет Карточки Контроль, проверки и экспертизы Листы Миграционное право Недвижимость Органы государственной власти Отчеты Охота, рыболовство и спорт Положения Пособия и пенсии Постановления Претензии Приказы Протоколы Профессиональные стандарты Расторжение договора Расчеты Решения (не судебные) Сведения Сельское хозяйство Семейное право. Алименты, наследство, дарение Соглашения Справки Страхование Строительство Таможня Транспорт Трудовое право. ТК РФ, отдел кадров Трудовые договоры и должностные инструкции ТЭК Уведомления и Извещения Унифицированные формы Формы Формы банковских документов Формы бухгалтерской отчетности Формы налоговой отчетности Формы открытия/изменения бизнеса, ИП/ООО, типовые уставы ООО (36 штук) Формы первичных учетных документов Ходатайства Юристам

Алфавитный указатель

Алфавитный указатель

З — группы документов на букву ‘З’С — группы документов на букву ‘С’У — группы документов на букву ‘У’И — группы документов на букву ‘И’

Ячейка бибилиотеки документов

1394 — ячейка

<перейти в начало документа>

<скачать бесплатно документ 2022>

Полногеномное секвенирование и таксономическое профилирование двух Pantoea sp. выделены из образцов окружающей среды в Израиле | Геномные данные BMC

• Примечание к данным
• Открытый доступ
• Опубликовано: 21 апреля 2022 г.

Тел.0004

• Ohad Shifman ¹ ,
• Tamar Aminov ¹ ,
• Shahar Rotem ¹ ,
• Raphael Ber ¹ и
• …
• Anat ZVI.
  ORCID: orcid.org/0000-0003-3743-9642 ¹  

Геномные данные BMC
том 23 , Номер статьи: 31 (2022)
Процитировать эту статью

• 733 доступа

• 1 Альтметрический

• Сведения о показателях

Реферат

Цель

В рамках исследования, направленного на выделение бактерий, секретирующих соединения, ингибирующие рост, были получены культуры Francisella tularensis имплантировали в образцы окружающей среды и отслеживали зоны ингибирования на агаре. Были выделены две бактерии, секретирующие антибиотики, расшифрована их геномная последовательность, и анализ таксономического профиля классифицировал их как принадлежащие к роду Pantoea .

Описание данных

Два бактериальных изолята с зонами ингибирования роста по сравнению с F. tularensis (LVS) были проанализированы с использованием технологии Oxford Nanopore (ONT). Была выполнена предварительная сборка прочтений de novo с последующим таксономическим профилированием на основе анализа многолокусных последовательностей (MLSA) и измерения средней идентичности нуклеотидов (ANI). Геномные последовательности привели к идентификации двух разных Pantoea видов, обозначенных как EnvD и EnvH.

Последующая сборка генома de novo сгенерировала 5 и 10 контигов для EnvD и EnvH соответственно. Самый большой контиг (4 008 183 п.н. и 3 740 753 п.н. для EnvD и EnvH соответственно) в значительной степени перекрывается с хромосомой близкородственных видов Pantoea . Значения ANI, рассчитанные для обоих изолятов, выявили два явно новых вида рода Pantoea .

Наше исследование расшифровало идентичность двух бактерий, продуцирующих антибиотикоподобные соединения, и геномная последовательность показала, что они представляют разные Pantoea видов.

Объектив

Pantoea — род грамотрицательных бактерий, принадлежащих к семейству Erwiniaceae. Эти бактерии были выделены из множества источников окружающей среды (таких как растения, животные, вода, почва и человек). Они широко распространены в природе, и уже зарегистрировано более 25 видов [1,2,3,4]. В этом исследовании мы представляем таксономическое профилирование двух изолятов из окружающей среды, которые были идентифицированы по их способности ингибировать рост Колонии F. tularensis (LVS). Изоляты секвенировали с помощью длинного считывания и собирали с помощью сборки de novo. Мы рассчитали показатель ANI, чтобы установить родство видов, и метод MLSA был реализован для создания филогенетического дерева, показывающего эти варианты как новые вида Pantoea .

Описание данных

В ходе этого исследования было взято более 20 проб окружающей среды из разных географических точек Израиля (природные источники). Образцы готовили, протирая 20 см ² площадь городских асфальтированных дорог 3 стерильными ватными тампонами (Copan Italia SPA), асептически смоченными в стерильном фосфатно-солевом буферном растворе (PBS). Тампоны выбрасывали после экстракции вортексом в 5 мл PBS. Через 2 мин. пассивного оседания пыли и грязи в новую стерильную пробирку перенесли 4,2 мл. Аликвоту по 0,1 мл каждой пробы окружающей среды смешивали с 0,1 мл PBS, содержащего 10 ⁸ КОЕ/мл индикаторных бактерий ( F. tularensis LVS), смесь наносили на цистеиновый сердечный агар с гемоглобином (CHA, Difco ), планшеты инкубировали в течение 2 дней при 37 °C и отслеживали наличие колоний, демонстрирующих зону ингибирования для индикаторного штамма. Несколько таких колоний были дополнительно выделены в чистые культуры на CHA, и было подтверждено их ингибирование LVS. Два изолята продемонстрировали разную способность к росту в бульоне с инфузией мозга и сердца и были обозначены здесь как EnvD (из промышленной зоны Тальпиот, Иерусалим) и EnvH (из района Ромема, Хайфа). Для очистки ДНК колонии EnvD и EnvH выращивали на CHA, суспендировали до высокой плотности в 1 мл PBS, смешивали 1:1 с ATL-буфером, нагревали при 100 °C в течение 30 мин перед очисткой ДНК с использованием мининабора QIAamp DNA blood minikit (Qiagen). . Секвенирование всего генома было проведено в центре GenoHub (https://genohub.com) с использованием технологии Oxford Nanopore MinION. Библиотеки для EnvD и EnvH были подготовлены с использованием SQK-LSK109.набор для секвенирования лигирования (Oxford Nanopore Technologies), и секвенирование проводили с использованием проточной кюветы R9. Базовый вызов выполнялся с помощью Guppy v 4.4.2. Всего было получено 210 000 прочтений для EnvD (средняя длина 3854 бит/с) и 190 000 прочтений для EnvH (средняя длина 1881 бит/с), в результате чего охват составил 155x  и 89x соответственно (файл данных 1) [5].

Сборка De novo проводилась с помощью реализации Flye [6], предназначенной для сборки длинных ридов, сгенерированных ONT. Для EnvD было получено пять контигов, самый большой из которых имеет длину 4 008 183 п.н., поэтому значение N50 составляет 4 008 183. Сгенерированные EnvH чтения были собраны в общей сложности в 10 контигов, самый длинный из которых составлял 3 740 753 бита в секунду (что, следовательно, является значением N50). Грубая и предварительная оценка таксономического родства двух изолятов, проведенная с помощью Blast-анализа [7] по базе данных нуклеотидов (nt, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/нуклеотид/), выявила сходство с Род Pantoea . Впоследствии самый длинный контиг каждого изолята сравнили со всеми общедоступными последовательностями Pantoea (Национальный центр биотехнологической информации, NCBI), показав, что наиболее подходящими совпадениями для EnvD и EnvH являются Pantoea agglomerans и Pantoea stewartii соответственно. . Соответственно, контиги, сгенерированные сборкой, были выровнены по своим ближайшим видам с помощью Mauve [8]. Выравнивания показывают почти полное покрытие эталонной хромосомы самым большим контигом как для EnvD, так и для EnvH. Кроме того, два оставшихся контига перекрывают плазмидные области в эталонных геномах (файл данных 2) [9].].

Чтобы дополнительно охарактеризовать, могут ли секвенированные геномы быть связаны с одним из уже известных видов Pantoea , мы использовали показатель ANI как хорошо зарекомендовавший себя показатель сходства всего генома [10,11,12,13,14]. Значение ANI оценивали с помощью алгоритма FastANI [12]. Попарные значения ANI не более 82% были получены для каждого из секвенированных геномов с геномами, представляющими известные вида Pantoea [15]. Согласно общепринятому пороговому значению 95% используется в качестве границы для разграничения видов [14, 16], оказывается, что EnvD и EnvH составляют новые виды в пределах рода Pantoea . Следует отметить, что парное значение ANI между EnvD и EnvH составляет 83%, что представляет собой две разные линии передачи.

Для присвоения таксономического профиля двух изолятов мы внедрили метод типирования Multi Locus Sequence Analysis (MLSA), адаптированный для филогенетического анализа видов Pantoea [17, 18], с использованием пяти основных генов, которые эффективны для видов- уровень разграничения рода Pantoea : fusA , gyrB , leuS , pyrG и rpoB [1]. Последовательности генов, ортологичных EnvD и EnvH, были извлечены из последовательностей контигов, охватывающих области хромосом (контиг 4 для EnvD и контиг 3 для EnvH), и объединены в мини-ген. Кроме того, пять кодирующих белок генов были выделены из 37 репрезентативных, эталонных и/или типовых штаммов видов Pantoea и Tatumella (полный список видов, включенных в набор из 37 геномов, см. в [17]). . Множественное выравнивание 37 конкатенированных последовательностей вместе с конкатенированными последовательностями, происходящими из EnvD и EnvH, было построено с использованием алгоритма MAFFT (множественное выравнивание с использованием быстрого преобразования Фурье) [19]. ] устройства MegAlign™ Pro (© 1993–2020) (DNASTAR®). Филогенетический анализ выровненных последовательностей был проведен с использованием инструмента PhyML [20], который оценивает филогении максимального правдоподобия (NGPhylogeny.fr [21]). Каждый из новых изолятов, EnvD и EnvH, образует отдельную ветвь (файл данных 3) [22]. В то время как EnvH связан с видами Pantoea stewartii , Pantoea ananatis и Pantoea allii , EnvD не только является ответвлением от отдельного кластера, но и относительно удален от видов в этом кластере (который включает, среди прочего, 9 видов).0073 Pantoea agglomerans , что подтверждает предварительное назначение, описанное выше для EnvD).

В заключение, две бактерии, ингибирующие рост, из образцов окружающей среды, собранных в двух разных районах Израиля, были идентифицированы и отнесены к роду Pantoea . Их таксономическое профилирование показало, что эти бактерии могут быть классифицированы как новые вида Pantoea , отличающиеся от известных видов Pantoea , описанных на сегодняшний день. Дальнейшая экспериментальная характеристика механизма, вовлеченного в ингибирование роста LVS этих Pantoea сейчас выполняется. В таблице 1 приведены ссылки на файлы данных 1–4 и наборы данных 1–3. 1.

Таблица 1 Обзор файлов/наборов данных

Полноразмерная таблица

Ограничения

• Сборка de novo привела к ряду контигов; в то время как самые длинные контиги почти покрывают область хромосомы, некоторые другие области секвенированных геномов EnvD и EnvH покрыты фрагментарно.

• Из практических соображений филогенетическое родство двух Pantoea sp. EnvD и EnvH основаны на ограниченном наборе данных по 37 известным видам Pantoea , включая репрезентативные, эталонные и/или типовые штаммы видов Pantoea и видов Tatumella .

Доступность данных и материалов

Файлы данных 1–4, описанные в этой заметке с данными, могут быть свободно и открыто доступны на Figshare (https://figshare. com/ ) [5, 9, 22]. Наборы данных 1–3 доступны в базе данных NCBI. Необработанные считывания были отправлены в Архив считывания последовательностей NCBI под регистрационным номером SRP316834 для Pantoea sp. EnvD и Pantoea sp. EnvH (набор данных 1) [23,24,25]. Геномные сборки двух образцов были отправлены в NCBI GenBank и доступны под инвентарным номером JAGTWO000000000 для Pantoea sp. EnvD и регистрационный номер JAGTWN000000000 для Pantoea сп. EnvH (наборы данных 2–3) [24, 25].

Сокращения

MLSA:

Многолокусный анализ последовательности

АНИ:

Средняя идентичность нуклеотидов

ОНТ:

Оксфорд Нанопор Текнолоджиз

МАФФТ:

Множественное выравнивание с использованием быстрого преобразования Фурье

PhyML:

Максимальное правдоподобие филогении

Ссылки

1. «>

   Tambong JT. Таксогеномика и систематика рода Pantoea. Фронт микробиол. 2019;10:2463.

   Артикул
   пабмед
   ПабМед Центральный

   Google ученый

2. Агарвал Г., Чоудхари Д., Стайс С.П., МайерсГитайтис БКРД, Вентер С.Н. и др. Пангеномный анализ Pantoea ananatis выявил гены, связанные с патогенностью лука. Фронт микробиол. 2021;12:684756.

   Артикул
   пабмед
   ПабМед Центральный

   Google ученый

3. Agarwal G, Gitaitis RD, Dutta B. Пан-геном нового подвида Pantoea stewartii indologenes выявляет гены, участвующие в патогенности лука, и доказательства латерального переноса генов. Микроорганизмы. 2021;9(8): 1761.

   Артикул
   КАС
   пабмед
   ПабМед Центральный

   Google ученый

4. Stice SP, Shin GY, De Armas S, Koirala S, Galvan GA, Siri MI, et al. Распределение кластеров генов вирулентности лука среди Pantoea spp. Фронт завод науч. 2021;12:643787.

   Артикул
   пабмед
   ПабМед Центральный

   Google ученый

5. Файл данных 1: Метрики секвенирования и сборки. Фигшер: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15111765.v1 (2021).

6. Колмогоров М., Бикхарт Д.М., Бехсаз Б., Гуревич А., Райко М., Шин С.Б., и соавт. metaFlye: масштабируемая сборка метагенома с длительным чтением с использованием графов повторов. Нат Методы. 2020;17(11):1103–10.

   Артикул
   КАС
   пабмед

   Google ученый

7. Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Э.В., Липман Д.Дж. Базовый инструмент локального поиска выравнивания. Дж Мол Биол. 1990;215(3):403–10.

   Артикул
   КАС
   пабмед

   Google ученый

8. «>

   Дарлинг А.С., Мау Б., Блаттнер Ф.Р., Перна Н.Т. Розовато-лиловый: множественное выравнивание консервативной геномной последовательности с перестройками. Геном Res. 2004;14(7):1394–403.

   Артикул
   КАС
   пабмед
   ПабМед Центральный

   Google ученый

9. Файл данных 2: Сопоставление контигов с эталонным геномом. Figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15105198.v1 (2021 г.).

10. Фигерас М.Дж., Беас-Идальго Р., Хоссейн М.Дж., Лайлес М.Р. Таксономическая принадлежность новых геномов должна быть подтверждена с использованием средней нуклеотидной идентичности и мультилокусного филогенетического анализа. Объявление генома. 2014;2(6):e00927-14.

    Артикул
    пабмед
    ПабМед Центральный

    Google ученый

11. Арахал ДР. Полногеномный анализ: средняя идентичность нуклеотидов. Методы микробиологии. 2014;41:103–22.

12. Джейн С., Родригес Р.Л., Филлиппи А.М., Константинидис К.Т., Алуру С. Высокопроизводительный анализ ANI 90 000 прокариотических геномов выявляет четкие границы видов. Нац коммун. 2018;9(1):5114.

    Артикул
    пабмед
    ПабМед Центральный

    Google ученый

13. Константинидис К.Т., Тиедже Дж.М. Геномные идеи, которые расширяют определение вида прокариот. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005;102(7):2567–72.

    Артикул
    КАС
    пабмед
    ПабМед Центральный

    Google ученый

14. Горис Дж., Константинидис К.Т., Клаппенбах Дж.А., Коэнье Т., Вандамм П., Тиедже Дж.М. Значения гибридизации ДНК-ДНК и их связь со сходством последовательностей всего генома. Int J Syst Evol Microbiol. 2007; 57 (часть 1): 81–9.1.

    Артикул
    КАС
    пабмед

    Google ученый

15. «>

    Файл данных 3: Таблица оценок ANI для Pantoea sp. EnvD и Pantoea sp. EnvH. Figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19204658.v2 (2022).

16. Рихтер М., Росселло-Мора Р. Изменение геномного золотого стандарта для определения прокариотических видов. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106(45):19126–31.

    Артикул
    КАС
    пабмед
    ПабМед Центральный

    Google ученый

17. Тамбонг Дж.Т., Сюй Р., Канеза К.А., Ншогозабаизи Дж.К. Углубленный анализ мультилокусной филогении идентифицирует leuS как надежный филогенетический маркер для рода Pantoea . Эвол Биоинформ Онлайн. 2014;10:115–25.

    Артикул
    пабмед
    ПабМед Центральный

    Google ученый

18. Делетуаль А., Декре Д., Курант С., Пассет В., Аудо Дж., Гримон П. и др. Филогения и идентификация Pantoea видов и типирование штаммов Pantoea agglomerans с помощью мультилокусного секвенирования генов. Дж. Клин Микробиол. 2009;47(2):300–10.

    Артикул
    КАС
    пабмед

    Google ученый

19. Като К., Стэндли Д.М. MAFFT: итеративное уточнение и дополнительные методы. Методы Мол Биол. 2014;1079:131–46.

    Артикул
    пабмед

    Google ученый

20. Guindon S, Dufayard JF, Lefort V, Anisimova M, Hordijk W, Gascuel O. Новые алгоритмы и методы для оценки филогении с максимальным правдоподобием: оценка производительности PhyML 3.0. Сист биол. 2010;59(3): 307–21.

    Артикул
    КАС
    пабмед

    Google ученый

21. Лемуан Ф., Коррейя Д., Лефорт В., Доппельт-Азеруаль О., Марей Ф., Коэн-Булакия С. и др. NGPhylogeny.fr: филогенетические услуги нового поколения для неспециалистов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2019; 47(В1):В260–5.

22. Файл данных 4: Филогенетический анализ. Figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15111588.v3 (2021 г.).

23. Национальный центр биотехнологической информации. Архив чтения последовательности. https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP316834 (2021 г.).

24. Национальный центр биотехнологической информации. Сборка. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/JAGTWO01?display=contigs (2021).

25. Национальный центр биотехнологической информации. Сборка. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/JAGTWN01?display=contigs (2021).

Скачать ссылки

Благодарности

Мы благодарим доктора Ади Бет-Дин за плодотворные обсуждения.

Финансирование

Это исследование не получило внешнего финансирования.

Информация об авторе

Авторы и организации

1. Отделение биохимии и молекулярной генетики, Израильский институт биологических исследований, Нес-Циона, Израиль

   Йехудит Гедж-Дана, Инбар Коэн-Гихон, Офир Исраэль, Таад Шифман , Shahar Rotem, Raphael Ber & Anat Zvi

Авторы

1. Yehoudit Guedj-Dana

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Академия

2. Инбар Коэн-Гихон

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

3. Ofir Israel

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

4. Ohad Shifman

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

5. Тамара Аминова

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

6. Shahar Rotem

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

7. Raphael Ber

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

8. Anat Zvi

   Посмотреть публикации автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

Contributions

YGD: проанализированы данные и написана рукопись; ICG: проанализировала данные; OI: выполнил секвенирование и написал рукопись; ОС: проводил эксперименты; ТА: провел эксперименты; СР: проводил эксперименты и помогал интерпретировать результаты; РБ: разработал эксперименты, руководил проектом и написал рукопись; AZ: руководил биоинформационным анализом и написал рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

Автор, ответственный за переписку

Анат Цви.

Декларация этики

Одобрение этики и согласие на участие

Неприменимо.

Согласие на публикацию

Неприменимо.

Конкурирующие интересы

Авторы заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.

Дополнительная информация

Примечание издателя

Springer Nature остается нейтральной в отношении юрисдикционных претензий в опубликованных картах и ​​институциональной принадлежности.

Права и разрешения

Открытый доступ Эта статья находится под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 International License, которая разрешает использование, совместное использование, адаптацию, распространение и воспроизведение на любом носителе или в любом формате при условии, что вы укажете авторство оригинальный автор(ы) и источник, предоставьте ссылку на лицензию Creative Commons и укажите, были ли внесены изменения. Изображения или другие сторонние материалы в этой статье включены в лицензию Creative Commons на статью, если иное не указано в кредитной строке материала. Если материал не включен в лицензию Creative Commons статьи, а ваше предполагаемое использование не разрешено законом или выходит за рамки разрешенного использования, вам необходимо получить разрешение непосредственно от правообладателя. Чтобы просмотреть копию этой лицензии, посетите http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. Отказ Creative Commons от права на общественное достояние (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) применяется к данным, представленным в этой статье, если иное не указано в кредитной линии данных.

Перепечатки и разрешения

Об этой статье

Преподавание — ТОРИ ДЕРР